Lors de sa création, le CESNI a été doté d’un Règlement intérieur (Résolution CCNR 2015-I-3). Le CESNI a ensuite parfait sa réglementation interne en adoptant formellement, conformément à l’article 12 alinéa 2 du Règlement intérieur, des règles internes qui assurent une organisation autonome et transparente des travaux du Comité.
Les Règles internes relatives au statut des organisations agréées règlent la participation des organisations représentatives, non gouvernementales de caractère international. Les Règles internes relatives aux groupes de travail encadrent les travaux des groupes de travail permanents et temporaires qui préparent les standards qui seront soumis pour adoption au Comité.
Le CESNI a adopté également des Règles internes relatives au statut d’État observateur, afin de répondre à des demandes d’États tiers, non membres de l’UE ou de la CCNR, de participer aux travaux du Comité et de ses groupes de travail.
Règlement intérieur et Règles internes Résolution CCNR 2015-I-3 relative à la création et fonctionnement du Comité Européen pour l’élaboration de Standards dans le domaine de la Navigation Intérieure